20 июля 1966 года при Сибирском отделении АН СССР в Академгородке г. Новосибирска было образовано Государственное специальное конструкторское бюро приборов (ГСКБП).
В 1968 году ГСКБП было преобразовано в Институт прикладной физики.
Для решения возложенных на Институт задач в течение 70-х – 80-х годов были созданы лабораторно-исследовательская, экспериментальная и производственная базы, включающие в себя более 20 зданий и сооружений различного назначения с необходимым оборудованием, построен жилой комплекс из 12 домов для сотрудников Института.
За достигнутые результаты в области создания средств радиоэлектронного противодействия Постановлением Верховного Совета СССР от 23.02.1985 г. Институт награжден орденом Трудового Красного Знамени.
АО ИПФ постоянно участвует в международных и всероссийских выставках вооружения и военной техники.